BioDeep数据库网站使用帮助

BioDeep数据库是一个关于生物体内的代谢物信息的综合性数据库：通过聚合多个公共数据库内的代谢物信息，以及大规模的文献自然语言文本挖掘，构建了用于进行生物知识解读的知识网络信息。通过本BioDeep数据库查询网站，可以进行代谢物相关的知识查询。

数据库首页

  1. 顶部的菜单栏，在这个菜单栏中放置了两个数据库工具：【ID编号映射】和【通路图】。其中【ID编号映射】工具可以应用于批量的将外部数据库的代谢物ID转换为BioDeep编号列表。而【通路图】工具则可以用于通过通路图信息进行相关的代谢物查询
  2. 页面中间存在有一个输入框：通过这个输入框，可以输入任意相关信息进行代谢物列表的搜索查询工作。任意信息可以包含有：代谢物名称，代谢物数据库编号，相关的代谢反应名称，任意基因名称，蛋白UniProt编号，代谢途径名称等信息
  3. 页脚部分主要是一些相关网站连接，可以通过位于页脚底部的【选择语言】菜单选择不同的界面语言，目前可以供选择的页面语言为：中文，英语，法语。

ID编号映射

通过【ID编号映射】工具可以很方便的利用外部数据库的代谢物编号列表进行BioDeep数据库内的代谢物信息的批量查询操作。在这个工具页面具有如下所示的操作元素：
  1. 编号列表输入框：通过这个输入框可以输入需要进行批量信息查询的代谢物编号列表。在这个输入的编号列表中，每一行应该为单独的一个数据库编号。
  2. 完成数据输入之后，可以直接点击【批量编号映射】按钮进行批量查询操作。

查看批量查询结果

点击【批量编号映射】按钮之后，页面会跳转到结果页面。在结果页面中，顶部的查询摘要信息卡片会显示出有多少个代谢物信息被关联上，以及一个下载链接，用于下载查询结果表格。 点击这个下载连接可以下载得到一个Excel表格文件，打开这个表格文件可以看见批量查询的代谢物信息列表，表格的大致内容图下所示： 在这个表格中，主要包含有以下代谢物信息：

代谢通路图查询

在Biodeep数据库之中，可以通过通路图上的相关的代谢反应过程名称，基因名称，代谢物名称等信息进行biodeep数据库内的代谢物的查询操作。具体的操作步骤如下：
  1. 在这个页面之中，主要由三部分区域组成：左侧列表为代谢途径列表，在这个列表之中，代谢途径按照层级关系构建出了一个层次树菜单。通过鼠标双击对应的代谢途径名称链接，可以展开对应的子菜单列表，获取对应的子代谢途径列表。在代谢途径名称右侧，有一个 超链接图标，点击这个图标可以打开对应的通路图。
  2. 完成通路图的加载之后，会在右边的【查询名称列表】中显示出当前通路图上相关的通路名称信息，代谢反应过程信息，基因名称，蛋白名称，代谢物名称等信息。点击任意一个名称连接，即可查询相关的代谢物列表信息

代谢物信息页面

代谢物页面主要展示了目标代谢物的注释信息（主要包括代谢物名称，数据库引用编号信息等），以及与目标代谢物相关联的文本挖掘结果。在任意代谢物信息页面，都可能看见有如下代谢物相关联的信息：
示例页面：Stevioside
  1. 代谢物卡片区域 在【代谢物卡片】区域主要是显示了代谢物的一些摘要信息，例如：代谢物的名称，IUPAC系统名称，中文名称，化学式信息，精确分子质量信息，分子结构信息以及对应的分子结构图。
  2. 描述信息 主要是记录了代谢物的一些简要描述信息，可能包括有代谢物的结构家族信息，生物学功能信息，来源信息等
  3. 同义名 在这个区域列举了与当前的代谢物所相关联的同义名列表，同义名列表是一个外链到必应搜索的链接列表，可以通过必应搜索查询代谢物的相关信息
  4. 外部数据库ID列表 在这个区域列举出了当前代谢物在外部数据库中的编号列表，这里也标记出了当前的代谢物的公共数据库信息来源
  5. 分类词条 在这个区域列举出了当前代谢物的化学结构分类信息或者生物学功能分类信息，点击这里的分类信息可以进行相同分类下的其他的代谢物的搜索查询
  6. 代谢通路列表 在代谢通路列表中列举出了当前的代谢物所处的代谢通路图列表，点击相应的代谢通路图的链接，可以继续查询出在同一个代谢通路图中的其他代谢物的列表
  7. 代谢反应列表 在代谢列表中列举出了当前的代谢物所关联的代谢反应过程，点击相应的代谢反应过程的链接，可以继续查询出在同一个代谢反应过程之中的其他相关联的代谢物列表
  8. 物种来源 在物种来源信息中，列举出了与当前代谢物的物种来源相关的信息，以及相应的文献DOI引用信息。点击相应的物种链接，可以继续查询在目标物种中与当前的代谢物相关联的其他的代谢物信息。